Volta e meia eu dou uma fuçada na situação do processamento de arquivos RAW através de Software Livre em plataforma Linux.
Nesse início de ano as surpresas foram muitas, o Rawstudio está prestes a ter uma versão 2.0 lançada e o apareceu também um programa chamado Darktable (um tiração com o Lightroom) que parece bem promissor. Leia um post de Pascal de Bruijn sobre o Darktable.
Um outro programa que já existia há um certo tempo é o RawTherapee, que agora se tornou livre (GPL).
Vale também ver a Wiki do projeto Open Source Photography.
guilhermeMaranhão • refotografia 
Sem querer atrapalhar o artigo, outra opção interessante é o jdlraw http://jdlraw.sourceforge.net/
Acredito que o RawThrapee 3.0 ainda vai demorar um pouco para ser usável, mas estão colocando algumas funcionalidades interessantes.
O digiKam já está rodando no Windows com uma certa desenvoltura.