Fuçar, fuçar, fuçar. Essa é a regra.
Fuçando no software que controla o scanner PFU DL2400 achei um controle escondido. Não tenho manual nem documentação apropriada para entender o que faço nele. Assim, finalmente consegui ativar o modo de 2400 dpi, antes ele só escaneava em 800 dpi.
Para o teste usei um negativo tamanho 6x7cm, uma foto da alguns alunos da turma do Senac Sto Amaro.

Antes:

E depois de ativar a funcão (que na verdade é uma troca de lentes que ocorre no interior do scanner):
